百万工资拖欠4年后却扣个税32万多，法院责令重新核算后退税！补发工资会增加个税负担吗？
发布时间：2025-03-04 来源：二哥税税念 作者：二哥
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蔡先生被公司拖欠4年工资绩效，好不容易胜诉拿回了钱，却被一次性代扣代缴个人所得税32.7万元。蔡某认为税务部门将多年收入合并计税导致应纳税额畸高，向法院提起行政诉讼。
“这明明是4年的钱，凭啥按1年收入计税？”法庭上，蔡先生对自己的遭遇表示不解。蔡先生原为W公司销售总监，因与该公司劳动合同纠纷于2019年诉至法院。
W公司应支付蔡先生赔偿金66000元、2019年1月和2月的未发工资8639.74元（税后），以及四年的年终绩效考核工资87600元、提成869121.05元（税前）。
“我司作为扣缴义务人，再向蔡先生支付工资薪金时代扣代缴个人所得税符合相关法律规定”，2020年5月，该公司将拖欠蔡先生四年的工资薪金所得一次性支付，并一次性代扣代缴个人所得税327692.37元。
“我要求退还多缴纳的税款”，蔡先生认为W公司在申报缴纳个人所得税时，错将四年所得计算为一年所得进行了纳税申报，造成应纳税额畸高，遂向税务分局请求依法退还多缴的税款及相应利息。
蔡先生未能提供证据证明所属年度对应金额的事实，既无事实证据证明，也无法律依据，故公司为蔡先生在其单位产生的薪金、报酬代扣代缴个人所得税符合相关法律规定，且未产生多缴税款。
蔡先生对此答复不服，向税务局提起行政复议，税务局作出维持的行政复议决定。蔡先生诉至法院。
法院经审理认为，因W公司的原因导致蔡先生的多年度个人所得被一次性支付，若仍机械按支付时点计税，将加重劳动者负担，有违税收公平。
蔡先生提出退还多缴税款申请后，税务分局对蔡先生的应纳税金额未尽到查实义务，仅凭W公司代扣代缴的时点符合法律规定便认为蔡先生的应纳税金额也符合法律规定，属于认定事实不清，依据不足。
蔡先生要求撤销税务分局所作案涉答复及税务局所作案涉复议决定的诉讼请求，应予支持。最终税务分局重新核算，退还蔡先生税款47483.85元。
本案是个人所得税代扣代缴过程中，引发的纳税人与税务机关之间就应纳税金额产生的纠纷。在因用人单位的原因拖欠支付个人所得，职工通过诉讼方式取得收入，导致纳税人多年度收入被一次性支付并计税时，该如何汇算清缴，法律法规并未予以明确。
通过本案的审理，明确了税务机关应切实履行税收征管查实义务，根据相关材料核实纳税人的应税所得本应所属的计税月份或年度，再将其实际个人所得归入应属的纳税年度，最终计算出纳税人本应承担的实际纳税金额。
这既符合《个人所得税法》以每一纳税年度收入为基数计算应纳税所得额的原则，也符合《税收征管法实施细则》对纳税期限等规定，同时纳税人承担的个人所得税税率也更为合理。
依法纳税是每个公民应尽的义务，个人所得税关乎国家财政与社会发展，我们必须严格遵守税收法规。
对纳税人来说，要注意留存工资发放记录、劳动合同、判决书等证明收入归属期的证据；每年登录“个人所得税”APP核查收入及时申报明细；对补发工资，可在年度汇算时备注说明，申请按归属期拆分计税。
作为用人单位，不得以“拖延支付”变相增加劳动者税负；补发工资时代扣个税需备注所属期间，避免全额并入当月收入；若因特殊原因集中支付，应协助员工向税务机关提交情况说明。
纳税人若在纳税过程中遇到疑问或认为税务机关的计算有误，应及时通过合法途径寻求帮助，如咨询专业税务人员或向税务机关提出异议，必要时可通过法律途径解决。依法维权不仅有助于保障自身权益，也有助于维护税收制度的公平与公正。
主要关注点就是到底是按工资所属期申报个税还是按工资发放期申报个税的问题。
那到底如何来理解和操作补发工资的个人所得税的问题呢？今天二哥和大家一起来分享一下。
其实呢，补发工资也分情况，有年度内补发，也有跨年补发。
新个人所得税法实施后，年内补发当年的工资，这块对个人所得税来说基本是没有啥影响了，不会因为补发当期的累加申报而增加纳税人的个人所得税负担。
这个主要原因就是因为2019年开始我们个人所得税的算法发生了改变。
新个人所得税法实施之前，我们算工资薪金的个税是按月计算的，2019年1月1日新个人所得税法实施之后，工资薪金属于综合所得的一部分，我们改为按年计算，按月预扣预缴了。
刚开始实施的时候，很多人都不习惯，以前按月算多方便啊，现在按年累计预扣法算感觉复杂的多，其实也就是一个适应问题，我们企业所得税不也是按年计算征收，按月或者按季预缴嘛，其实本质是一样的。
抛开计算方不方便的问题，其实按年计算工资薪金个人所得税对我们纳税人来说是一个大利好，特别是工资发放不均衡的，比如涉及补发工资的人，是非常好的。
你比如企业所得税，企业所得税就是典型的年度税，按年计算意味着年度内各月份、各季度之间的盈亏可以相互抵消，别小看这个抵消，能节约不少税金。
比如二哥税税念公司适用所得税税率25%，2023年1季度公司亏损10万，2023年2季度盈利10万，2023年3季度盈利5万，2023年4季度亏损10万，全年累计亏损5万，不考虑纳税调整，年应纳税所得额就是-5万。
如果企业所得税不是按年计算，是按季度单算，那么实际上盈利的季度交税，亏损的季度不交税，季度之间的盈亏不能互抵，二哥税税念公司全年累计是亏损，实际还是要交3.75的税，这显然是不合理的，而按年计算，公司去年亏损5万，就没有企业所得税缴纳，而且按照现在企业所得税的政策，全年亏损的还可以在以后年度弥补，相当于国家还给了一个年度之间盈亏互抵后算税的优惠政策。
很多朋友可能就会纳闷，你在说个人所得税按年计算对纳税人的利好，你扯企业所得税干嘛？
其实道理是一样的。企业所得税是以企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
综合所得的个人所得税是以纳税人每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
你看，实际上，我们在算个人所得税时候一样也要用收入减去各项扣除项，也要算一个应纳税所得额，这个应纳税所得额同样是有正有负，只不过企业所得税上我们习惯称为盈利和亏损，在个人所得税上虽然我们没有个人盈亏这个说法，但是实质上却是一个道理。
二哥在单位拿工资，2023年1月份发放工资5000，2月5000，3月10000（有季度奖金），其他季度和一季度一致，专项附加扣除每个月2000（子女教育），不考虑三险一金扣除。
假如是以前按月算个税，那么二哥全年个人所得税如下：
你可以看到，如果月度有扣除项多的，这个时候是不能用到其他月份去的，其他月份扣除项不够该交税还是要交税。
如果是按全年计税，那么二哥这种情况就是没有个税的，而且全年算下来还是有4000的扣除额度没用够，当然个人所得税没有跨年弥补这个说法，4000没扣完也就没有用了。
所以，这就是新个人所得税法按年计税的好处，可以用够用足减除费用和各种扣除项，不至于因为纳税人月度之间收入的不均衡导致多交税。
所以说，年内补发工资的情况，我们在实际发放当期申报个税，因为个税是累算，所以不会因为集中在一起申报而增加个税负担。
比如二哥2018年8月份一次性取得了6月、7月的工资，其中6月份工资金额2800元，7月份为3000元，那么如何计算应纳个税？
应纳个税=(2800+3000-3500)*10%-105=125元「不考虑社保等」
但是如果6月和7月分开来算，二哥其实每个月工资都没超过3500，实际是没有个税的。
那么职工的利益就受损了，这就是因为旧个税的算法不是累算，该享受的扣除没有充分享受导致。
其实以前为了解决累算补发工资的问题，各地税务局也出台过相应的政策。
但是，新个税实施后，年内补发年内的工资的问题已经不是问题了。
那么结论来了，补发工资本身是按实际发放期间作为税款所属期，那么新个税实施后，同一年内的补发并不会因为所属期的变化而影响个税的负担，因为我是累计算个税的。
跨年补发这种情况说实话可能影响个税负担，为什么呢？
这个道理也很简单，因为个人所得税计算的减除费用和其他扣除项目都是不能跨年使用的，而个人所得税税款所属期是以实际发放的时间为准。
如果你把工资全部累计到一年发放，无疑就会造成未发年度的扣除费用使用不充分，同时在实发年度应纳税所得额基数被抬高，最终导致多交税。
二哥是这样理解的，首先哈，正常情况下，一个公司出于考核的原因，头年工资次年发，然后次年工资又下一年发，这种错位的情况是一种均衡的发展，其实我们就大可不必去纠结个税的问题，毕竟每年总数算下来还是比较平均的实发数。
我们就直接按现行政策，在实际发放时候计算缴纳个税就行了。
2020年7月补发19年工资，那么可能20年的工资会在21年补发，这种长期看是均衡的，没必要去纠结太多。
那么如果不是这种情况，我19年全年就是没发工资，老板都给我发在2020年了，这种情况确实可能增加个人所得税负担。那这种情况又如何做呢？
其实你发现，这个情况就又回个新个税实施之前跨月补发工资的问题，现在新个税下跨月补发不存在问题了，跨年又有类似问题。
这种问题只有一个结论，理论上都是在发放期间申报，如果当地税务局有政策允许回到所属期申报（也就是税务局默许你未发工资先报个税，让个税均衡一点，特别是跨年发这种），那从其规定。
不过话说回来了，一年的工资拖到次年发的单位，你还指望他给你考虑个税的问题？
